La Pontificia Facoltà Teologica dell’Italia Meridionale è nata dalla fusione di due istituzioni accademiche preesistenti: la Facoltà del Seminario Maggiore Arcivescovile di Napoli e la «Facultas Theologica S. Aloisii ad Pausilypum».

Attualmente, la PFTIM si suddivide in due Sezioni principali: la Sezione di «S. Tommaso d’Aquino», affidata al Clero dell’Arcidiocesi di Napoli, e la Sezione di «S. Luigi», affidata alla Compagnia di Gesù.

Ogni Sezione comprende i tre cicli accademici di Baccalaureato, Licenza e Dottorato in Teologia. Inoltre, è associato alla PFTIM l’Istituto Teologico Calabro di Catanzaro, che conferisce i primi due gradi accademici, e diversi Studi teologici (Cosenza, Potenza, Reggio Calabria, Salerno), che conferiscono il primo grado accademico. La PFTIM ha stretti legami con numerosi Istituti Superiori di Scienze Religiose, i quali attribuiscono lauree triennali e magistrali in Scienze Religiose.